Rutherford atom teorisi, atomun yapısı hakkında önemli bilgiler sağlamış olsa da bazı eksiklikleri bulunmaktadır.

• I. Elektronların davranışları: Rutherford modeli, elektronların çekirdek etrafında döndüğünü belirtse de, klasik fizik yasalarına göre hızlanan yüklü elektronların enerji kaybederek çekirdeğe düşmesi gerektiğini açıklayamamıştır. Ayrıca elektronların belirli enerji seviyelerinde bulunmasını da açıklayamaz.
• II. Çekirdekteki nötron taneciklerinin özellikleri: Rutherford atom teorisi, çekirdeğin pozitif yüklü protonlardan oluştuğunu öne sürmüştür. Nötronların varlığı ve özellikleri Rutherford tarafından değil, daha sonra James Chadwick tarafından keşfedilmiştir. Dolayısıyla, bu özellik Rutherford teorisi ile açıklanamaz.
• III. Atomun boşluklu yapısı: Rutherford'un altın folyo deneyi, alfa parçacıklarının çoğunun atomdan doğrudan geçtiğini göstererek atomun büyük bir kısmının boşluklu olduğunu kanıtlamıştır. Bu, Rutherford atom teorisinin temel bulgularından biridir ve teori ile açıklanabilir.
• Bu durumda, Rutherford atom teorisi ile açıklanamayan özellikler I ve II'dir.
• Doğru Seçenek D'dır.